2108年,人类探险队离开地球。不同的探险队用简单连续的号码来命名,而探险队离开地球后很快就和地球失去了联系。《超越善恶2》的世界“System 3”就是由3号探险队发现的。
2223年,伽内什(Ganesha)城市建立。游戏将其设定为一个太阳系,开发人员表示,星系周围同样会有惊喜。开发人员不想去创造“数以百万计的行星”,但是创造的行星都有自己的故事和意义。就像伽内什(Ganesha)就是因为玩家在来到这个星球时,看到的是一个类似于印度次大陆形状的世界。
本作将带玩家来到24世纪的System 3太阳系。这里是银河的星际殖民与贸易中枢。私人企业剥削混血奴隶霸占各种资源,而 System 3殖民地的居民只得在奋斗中挣扎求生,并靠着交织从旧地球带来的各式各样遗产来寻求自己的存在价值。在这样的环境下,崭新的太空海盗时代就此展开。